WWW.EL.Z-PDF.RU
БИБЛИОТЕКА  БЕСПЛАТНЫХ  МАТЕРИАЛОВ - Онлайн документы
 

«РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ФГБОУ ВПО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет (НГУ)» Факультет Естественных Наук УТВЕРЖДАЮ _ 20 г. Рабочая программа ...»

МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ

РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ФГБОУ ВПО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет (НГУ)»

Факультет Естественных Наук

УТВЕРЖДАЮ

___________________________

"__" __________________20__ г.

Рабочая программа дисциплины (модуля)

Компьютерная геномикаНаправление подготовки

020201.65 биология

Квалификация (степень) выпускника

Специалист

Форма обучения

Очная

Новосибирск

2014

Дисциплина «Компьютерная геномика» является частью профессионального цикла, вариативная часть (профильная дисциплина по выбору) ООП по направлению подготовки 020201.65 «биология» (квалификация специалист). Дисциплина реализуется на факультете естественных наук Национального исследовательского университета Новосибирский государственный университет кафедрой информационной биологии ФЕН НГУ.

Содержание дисциплины – информация об основных методах поиска, представления и анализа данных в информационной биологии, в том числе и о способах массового (полногеномного) анализа данных; основных методах анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, освоение студентами ряда методов стандартных средств обработки информации, включая прикладные программы поиска и анализа, интернет-ресурсы и базы данных по биоинформатической тематике.Преподавание дисциплины ведется в 9 семестре.

Преподавание дисциплины предусматривает следующие формы организации учебного процесса: 25 ч. лекции, самостоятельная работа студента 9 ч. Программой дисциплины предусмотрен рубежный контроль в форме устного экзамена.

1. Цели освоения дисциплины

Целями освоения дисциплины (модуля) являются:

Ознакомление студентов с современными представлениями об (1) основных методах поиска, представления и анализа данных в информационной биологии, в том числе и (2) о способах массового (полногеномного) анализа данных; (3) основных методах анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Для достижения поставленной цели выделяются задачи освоения студентами методов рядом стандартных средств обработки информации, включая прикладные программы поиска и анализа, интернет-ресурсы и базы данных по биоинформатической тематике.

2. Место дисциплины в структуре ООП

Дисциплина «Компьютерная геномика» является частью цикла специальных дисциплин (дисциплина по выбору) ООП по направлению подготовки 020400.62 «биология» (квалификация бакалавр).

Дисциплина опирается на следующие дисциплины данной ООП:Молекулярная биология;

Генетика;

Биометрия;

Математическая статистика.

Результаты освоения дисциплины «Компьютерная геномика» используются при подготовке дипломной работы и в следующих дисциплинах ООП:

Эволюционная биология;

Структурная компьютерная биология.

В результате освоения дисциплины обучающийся должен:

•Знать: способы представления информации в геномных базах данных, типы функциональных кодов геномной ДНК, достоинства и недостатки методов распознавания функциональных сайтов в геномной ДНК, основные способы конвейерной обработки данных массового анализа

•Уметь: самостоятельно делать запросы в геномные базы данных и извлекать их результаты, находить данные по виду организма/гену/метаболическому пути или термину геномной онтологии с помощью баз данных; рассчитывать статистические характеристики, используемые для сравнения точности разных методов распознавания

•Владеть основными методами поиска информации по молекулярно-биологической тематике, уметь составлять выборки данных,

3. Структура и содержание дисциплины (модуля).

п/п Раздел дисциплины Семестр Неделя семестра Виды учебной работы, включая самостоятельную работу студентов и трудоемкость (в часах) Формы текущего контроля успеваемости (по неделям семестра)

Формы промежуточной аттестации (по семестрам)

лекции С Р С Семинары КСР 1 Операции с последовательностями, доступ к данным и форматы данных. Базы данных последовательностей ДНК EMBL и GenBank9 1 1 2 Обзор задач биоинформатики, связанных с анализом и обработкой текстовых последовательностей 9 1 1 0,7 1 Устный опрос

3 Исследование повторов в текстах. Формальные языковые системы 9 2 1 4 Исследование повторов в текстах. Алгоритмы 9 2 1 0,7 1 Устный опрос

5 Типы функциональных кодов геномной ДНК 9 3 2 0,7 1 Устный опрос

6 Геномные базы данных (1) 9 4 2 0,7 7 Геномные базы данных (2) 9 5 2 0,7 1 Устный опрос

8 Распознавания функциональных сайтов в геномной ДНК 9 6 2 0,7 1 Устный опрос

9 Методы предсказания структуры генов эукариот9 7 2 0,7 1 Устный опрос

10 Статистические характеристики, используемые для сравнения точности разных методов распознавания9 8 2 0,7 1 Устный опрос

11 ChIP-Seq: секвенирование, технологии и задачи биоинформатики9 9 2 0,7 1 Устный опрос

12 Статистический анализ микрочиповых данных 9 10 2 0,7 1 Устный опрос

13 Базы данных и интернет-ресурсы PubMed, GenBank, BLAST, BLAST2 9 11 2 0,7 1 Устный опрос

14 Геномные базы данных и геномные браузеры: BLAT, Table Browser (UCSC), Gene (NCBI), ENSEMBL 9 12 2 0,7 1 Устный опрос

15 Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов, применение весовых матриц, оценка точности 9 13 2 0,7 1 Устный опрос

96 Экзамен

Итого 25 9 108 4. Образовательные технологии, применяемые при освоении дисциплины (модуля)

Занятия проводятся в форме лекции. В начале каждой лекции проводится устный опрос студентов с целью проверки усвоения материала предыдущей лекции.

5. Учебно-методическое обеспечение самостоятельной работы студентов. Оценочные средства для текущего контроля успеваемости, промежуточной аттестации по итогам освоения дисциплины.

Самостоятельная работа состоит в применении изученного материала лекций для работы с базами данных и интерфейсами программ визуализации и анализа и аминокислотных последовательностей. Самостоятельная работа с интернет-ресурсами состоит в знакомстве с возможностями веб-интерфейса, приобретение навыков для быстрого получения информации, например создание и подача простейших логических запросов.

Примеры вопросов для самостоятельной работы:

С помощью карточек баз данных EMBL и GenBank пояснить термины: структура генов эукариот. Альтернативный сплайсинг. Основные типы информации, использующейся для распознавания генов;

С помощью визуализации геномного браузера пояснить понятия: коды трансляции; коды нуклеосомной организации ДНК; коды доменно-петлевой организации ДНК; коды пространственной структуры белков;

Каким образом оценка точности метода распознавания может быть использована для анализа полногеномных данных по иммунопреципитации хроматина (эксперимент ChIP-Seq)?

6. Данные для учета успеваемости студентов в БАРС

Таблица 1. Таблица максимальных баллов по видам учебной деятельности.

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Семестр Лекции Лабораторные занятия Практические задания Самостоятельная работа Автоматизированное тестирование Другие виды учебной деятельности Промежуточная аттестация Итого

9 520 0 60 40 620

Программа оценивания учебной деятельности студента

9й семестр

Лекции

Оценивается знание материала; знакомство с терминологией, понимание причинно-следственных связей.

Диапазон оценок 0-40

Практические задания

Оценивается правильность приобретенных навыков, например, знание наиболее эффективного пошагового процесса подачи логического запроса в базу данных по научным публикациям.

Диапазон оценок 0-20

Самостоятельная работа

Оценивается творческое владение материалом с помощью простейших вопросов, позволяющих отделить механически заученный материал от понятого. Например, студент на экзамене должен объяснить не только как делается оценка точности метода, но и (1) зачем нужна эта процедура и (2) прояснить пошагово процедуру оценки на конкретном примере.

Диапазон оценок 0-40

Максимальное количество баллов, которое может набрать студент за семестр составляет 620.

Для получения допуска к экзамену студент должен получить не менее 310 баллов.

Итоговая оценка учебной деятельности студента производится с помощью экзамена, который проходит в форме собеседования. Целью проверки является не выявление механического запоминания информации, а контроль понимания предмета. Это понимание состоит не только в знаниях, но и в умении ими творчески воспользоваться, что становится возможно только на основе понимания причинно-следственных связей, заложенных в приобретенных знаниях. Студент не только должен знать, что делать для выполнения конкретной задачи, он должен также понимать (1) зачем целесообразно применять конкретный механизм решения задачи и (2) как достичь цели наиболее эффективным способом. Оценивается результат экзамена по пятибалльной шкале.

Таблица 2. Таблица пересчета полученной студентом суммы баллов по дисциплине «Компьютерная геномика» в оценку (экзамен):

5 баллов «отлично»

4 балла «хорошо»

3 балла «удовлетворительно»

2 и менее балла «не удовлетворительно»

7. Учебно-методическое и информационное обеспечение дисциплины (модуля).

а) основная литература:

Бородовский М., Екишева С. Задачи и решения по анализу биологических последовательностей. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2008. – 440 с.

Игнасимуту С. Основы биоинформатики. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2007. – 320 с.

Дурбин Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г. Анализ биологических последовательностей. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2006. – 480 с.

Леск А. Введение в биоинформатику. – М.: Бином. Лаборатория знаний, 2009. – 318 с.

б) дополнительная литература:

Системная компьютерная биология. Под редакцией: Н.А. Колчанов, В.А. Лихошвай, С.С. Гончаров, В.А. Иванисенко, Новосибирск: Сибирское отделение Российской академии наук, 2008. — 768с

Сетубал Ж., Мейданис Ж. Введение в вычислительную молекулярную биологию. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2007. – 420 с.

в) программное обеспечение и Интернет-ресурсы

Кафедра информационной биологии НГУ (http://www.bionet.nsc.ru/chair/cib/)

Слайды лекций по дисциплине ОиФМГС3:МАГТ (http://kib.nsu.ru/?page_id=538)

Русскоязычный портал молекулярных биологов – (http://www.molbiol.ru)

Факультет биоинженерии и биоинформатики Московского Государственного Университета (http://www.fbb.msu.ru/)

Многофункциональные базы данных PubMed (http://www.pubmed.com), Ensembl http://www.ensembl.org, UCSC Genome Browser http://genome.ucsc.edu/ (английский язык).

Словарь терминов биоинформатики (англ.) http://bio.fizteh.ru/student/files/bioinformatics/books/glossary_bioinf.html8. Материально-техническое обеспечение дисциплины (модуля)

Для проведения лекций необходимы ноутбук или персональный компьютер, медиа-проектор, экран, программное обеспечение для демонстрации слайд-презентаций. Для проведения отдельных лекций нужен терминальный класс (набор персональных компьютеров с выходом в интернет).

Программа составлена в соответствии с требованиями ФГОС ВПО и с OC ВПО, принятыми в ФГАОУ ВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет с учетом рекомендаций ООП ВПО по подготовке специалистов по направлению 020201.65 «Биология».

Автор: Левицкий В.Г., к.б.н., доцент кафедры информационной биологии ФЕН НГУ, с.н.с. лаборатории молекулярно-генетических систем Института Цитологии и Генетики СО РАН.

Программа одобрена на заседании кафедры информационной биологии Факультета естественных наук НГУ 04 августа 2014 года, протокол № 9 (65).

Секретарь кафедры _____________ Т.А. Бухарина

Похожие работы:

«Утверждены на заседании кафедры географической экологии протокол №8 от 30 марта 2017 г. Зав. кафедрой А.Н. ВитченкоВопросы к зачету по дисциплине "Компьютерная графическая и анимационная визуализация в геоэкологии" для студентов 4 курса дневной формы обучения специальности 1-33 01 02 Геоэкология в 2016/2017 учебном году...»

«УДК 551.1(476): 556.3 (476): 628.1(476) В. И. Зуй1, В. Н. Губин1, А.М. Ковхуто2, А. Ф. Санько1, Л. И. Мурашко1 1Белорусский государственный университет, Минск, Беларусь 2Государственное предприятие "НПЦ по геологии"ВКЛАД АКАДЕМИКА Г. В. Б...»

«Список абитуриентов, рекомендованных к зачислению в магистратуру на Географический факультет МГУ имени М.В.Ломоносова№ ФИО НАПРАВЛЕНИЕ1 АВАКОВ АРСЕНИЙ АЛЕКСАНДРОВИЧ ГЕОГРАФИЯ2 АЛЕКСЕЕВА АННА АРТЕМОВНА ГИДРОМЕТЕОРОЛОГИЯ3 АЛОВ ИВАН НИКОЛАЕВИЧ ГЕОГРАФИЯ4 АНИСИМОВ АНТОН ЮРЬЕВИЧ ЭКОЛОГИЯ И ПРИРОДО...»

«"Мой дом" Решение экологических задач, викторина для учащихся 9-х классов Мы хотим, чтоб солнце грело и березка зеленела, И под елкой жил смешной колючий еж, Чтобы белочка ск...»

«МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ФГАОУ ВО "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" Факультет естественных наукУТВЕРЖДАЮ: 997585113665 1143000124460Декан ФЕН НГУ, профессор _ Резников В.А. "29" августа 2014 г. Основы экономики Курс 1–й, II семестр Учебно-мето...»

«Личная безопасность и свобода в техногенной системе (Personal security and freedom in technogenic system) Экология духа Уважаемые дамы и господа! Я хотел бы поговорить о тенденциях в развитии нашей цивилизации, которые лежат н...»

«Приложение №. к договору № от Место для ввода даты.г. Требования в области охраны труда, промышленной безопасности и экологии Общество с ограниченной ответственностью "СИБУР Тольятти" / Акционерное общество "Тольяттисинтез" (ОГРН ), выступающее в...»

«СПИСОК выпускников Школы молодого управленца, зачисленных в резерв руководящих кадров системы образования Калининградской области, выдвинутых на руководящие должности № п/пФИО Куда на...»

«Утверждено: 14 февраля 2017 г. на заседании президиума Пермской краевой организации СЖР П О Л О Ж Е Н И Ео XX краевом фестивале региональной прессы Прикамья"Журналистская весна — 2017"УЧРЕДИТЕЛИ: Пермская краевая организация Союза журналистов России, Администрация Чернушинского района, ООО "...»









 
2018 www.el.z-pdf.ru - «Библиотека бесплатных материалов - онлайн документы»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 2-3 рабочих дней удалим его.